Powołanie do życia Instytutu Hematologii w roku 1951 wynikło z pilnej potrzeby zorganizowania w kraju nowoczesnej Służby Krwi. Nie istniała ona przed wojną, ani tym bardziej w czasie wojny. Krew przetaczano bezpośrednio z krążenia biorcy do krążenia dawcy. Po roku 1945 Służbę Krwi zaczął początkowo tworzyć Polski Czerwony Krzyż, jednak w dość wolnym tempie, bo w roku 1949 stacji krwiodawstwa było tylko 8.

Zadaniem Instytutu Hematologii było nie tylko zorganizowanie w Polsce Służby Krwi, ale również pobudzenie rozwoju hematologii. W aspekcie naukowym Instytut miał prowadzić przede wszystkim badania o charakterze aplikacyjnym. Długofalowo, miał czuwać nad rozwojem transfuzjologii i hematologii oraz - w imieniu Ministerstwa Zdrowia - sprawować nad obu dyscyplinami nadzór merytoryczny. Należy podkreślić szybkość z jaką zorganizował się Instytut Hematologii. Już w rok po jego powstaniu liczba stacji krwiodawstwa wzrosła z 8 do 19, a liczba punktów krwiodawstwa wyniosła 144. W ciągu pierwszych 9 lat istnienia Instytut podjął działalność naukową, zarówno na polu aplikacyjnym, jak i w dziedzinie nauk podstawowych. W roku 1992 Instytut zmienił nazwę na Instytut Hematologii i Transfuzjologii.

Dyrektorami Instytutu byli kolejno: Artur Hausman (1951-1953), Andrzej Trojanowski (1953-1964), Witold Rudowski (1964-1988), Sławomir Pawelski (1988-1991), Romuald Scharf (1991-1997), Lech Konopka (1997-2002) i obecnie od 2002 r. Krzysztof Warzocha.